Se usa 15 μg de ADN genómico. Se detecta a partir de cultivos de control; de trofozoítos de HM-1:MSS, trofozoítos silenciados, sin plásmidos y clonados.
1.- Se somete a enzimas de restricción el ADN: se establece que las enzimas son Bam HI, Eco RI, Hin dIII y Pst I.
2.-Se separan en gel el ADN: de gel de agarosa al 0,8%.
3.- Se desnaturaliza el ADN: en gel de álcali.
4.-Transferencia del ADN: a membranas de nailon cargadas positivamente.
5.- Se hibrida con variedad de sondas.